內視鏡檢查
除一般傳統的胃十二指腸鏡、大腸鏡、與直腸鏡檢查外；本科亦提供無痛鏡檢 (包括無痛胃鏡，無痛大腸鏡等)，以減輕病人的不適。另外，內視鏡超音波可檢查食道、胃、及十二指腸黏膜下構造，甚至周圍器官之檢查，它可以偵測早期癌症黏膜侵犯程度，甚至進行黏膜下或胃腸週圍病灶之抽吸、切片等。
治療性內視鏡
本科常規施行之一般傳統的治療性內視鏡，包括消化性潰瘍出血的止血治療，食道靜脈曲張的內視鏡硬化治療(EIS)及食道靜脈曲張結紮術(EVL)治療，膽道結石的內視鏡括約肌切開術(EST)、內視鏡括約肌擴張術、膽石摘除術及膽道支架放置引流等，其他尚有食道內置膺管的放置以解決末期食道癌的進食問題，及膽管內管置放以解決惡性腫瘤造成的黃疸。目前尚積極發展針對早期消化道癌症之內視鏡切除術，如EMR/ESD等。
肝腫瘤之非手術治療術
包括腫瘤的酒精注射、射頻燒灼術治療等，以非微創的方式達成局部惡性肝腫瘤之治療。
慢性B型、C型肝炎之抗病毒藥物治療
近年來新開發之抗病毒藥物對於病毒性肝炎(慢性B型、C型肝炎)均有相當良好之療效，可以阻止或預防病毒性肝炎進展至肝硬化或是肝癌之發生。
急、慢性肝病之藥物治療及照護
針對急性肝衰竭或肝硬化失代償提供最佳之全人照護，以緩和併發症並維持較佳之生活品質。